在细菌mRNA 起始密码子AUG上游10个碱基左右处，有一段高度保守的富含嘌呤的碱基序列，能与细菌16S rRNA 3’端识别，帮助从起始密码子AUG处开始翻译。它是1974年由J.Shine 和 L.Dalgarno发现的，故命名为SD序列（Shine-Dalgarno Sequence）。大肠杆菌（E.coli）中的SD序列为AGGAGGU。SD序列可以帮助核糖体区分起始密码子AUG与mRNA序列当中编码Met氨基酸的AUG密码子。
SD序列突变以后会降低翻译起始的效率，这是由于SD序列与16S rRNA上对应的序列（anti-SD sequence）的结合力下降造成的。因为当16S rRNA上对应的序列发生对应的突变后，翻译起始的效率可以得到回复。
不过，并非所有原核生物mRNA上都有SD序列，比如在许多革兰氏阴性菌的mRNA上就没有SD序列。没有SD序列没关系，还有其它办法可以保证翻译的起始效率。这些细菌的核糖体蛋白S1（又称为rpsA）可以结合到起始密码子AUG上游15到30个碱基处富含AU的序列上，从而介导核糖体识别起始密码子。