根据《深圳市机构改革方案》，中国共产党深圳市委员会设置工作机关（副厅级）20个，工作机关管理的机关3个。中共深圳市委设置下列机构[5]：
中共深圳市委办公厅
职能部门
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中共深圳市委组织部
中共深圳市委宣传部
中共深圳市委统一战线工作部
中共深圳市委社会工作部
中共深圳市委政法委员会
（组织部挂市公务员局牌子；宣传部挂市精神文明建设办公室、市新闻出版局牌子；统一战线工作部挂市民族宗教事务局、市政府侨务办公室牌子；社会工作部加挂市非公有制经济组织和社会组织工作委员会牌子。）
办事机构
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中共深圳市委政策研究室
中共深圳市委网络安全和信息化委员会办公室、中共深圳市委互联网企业工作委员会
中共深圳市委外事工作委员会办公室
中共深圳市委机构编制委员会办公室
中共深圳市委军民融合发展委员会办公室、深圳市国防动员办公室
中共深圳市委金融委员会办公室、中共深圳市委金融工作委员会
中共深圳市委台湾工作办公室
中共深圳市委港澳工作办公室
中共深圳市委巡察工作领导小组办公室
中共深圳市委老干部局
（市委全面深化改革委员会办公室设在市委政研室；市委全面依法治市委员会办公室设在市司法局；市委国家安全委员会办公室设在市委办公厅；市委网络安全和信息化委员会办公室加挂市互联网信息办公室牌子；市委财经委员会办公室设在市委政研室；市委外事工作委员会办公室加挂市人民政府外事办公室牌子；市委审计委员会办公室设在市审计局；市委军民融合发展委员会办公室加挂市国防科技工业办公室、市人民防空办公室牌子；市委金融委员会办公室加挂市地方金融管理局牌子；市委退役军人事务工作领导小组办公室设在市退役军人局；市委人才工作领导小组办公室设在市委组织部；市委教育工作领导小组办公室设在市教育局；市委台湾工作办公室加挂市人民政府台湾事务办公室牌子；市委港澳工作办公室加挂市人民政府港澳事务办公室牌子。）
派出机关
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中共深圳市委直属机关工作委员会
中共深圳市大鹏新区工作委员会
中共深圳市深汕特别合作区工作委员会
中共深圳市前海深港现代服务业合作区工作委员会
（教育工作委员会与市教育局合署办公、卫生工作委员会与市卫生健康委员会合署办公，不计入机构限额。）
直属事业单位
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中共深圳市委党校
深圳报业集团
深圳市社会主义学院
中共深圳市委党史文献研究室
深圳市档案馆
……
（市委党校挂深圳行政学院、深圳经济管理学院牌子；市委党史研究室挂市人民政府地方志办公室牌子。）
工作机关管理的机关
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中共深圳市委机要局，由市委办公厅管理。
中共深圳市委保密委员会办公室，由市委办公厅管理。
深圳市人才工作局，由市委组织部管理。
（市委保密委员会办公室挂市国家保密局牌子；市委机要局挂市密码管理局牌子。）